ncbi查找目的基因序列

Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可谓生信领域最常用的工具，拿到一段序列（测序结果，或设计好的引物等等），一般都会去blast一下，查找相似序列。

在查找相似序列的基础上衍生出了各种作用，比如鉴别基因组，蛋白质，查找特定靶区，检验引物特异性等等。自打1990年由Altschul SF等人开发出来，NCBI引进，至今还在改善，更新算法。

1 量身选用数据库

网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

做BLAST不仅要考虑选择哪种算法，还要考虑选哪个数据库来比对。我们最常用的可能就人类或小鼠基因组+转录组，但仍可根据自身情况选择合适的数据库，能大大节省检索时间，并提高返回的结果的质量和特异性。

不过这么多库怎么选呢，可以点一下旁边的问号（Help），查看选所的数据库的说明：